Tujuan PS-MPK merupakan penjabaran dari visi dan misi untuk menghasilkan lulusan yang sesuai dengan kebutuhan stakeholder dan tuntutan dunia kerja, sebagai berikut:
1. Menghasilkan Magister pendidikan kimia yang memiliki sikap,pengetahuan, keterampilan umum dan keterampilan khusus yang memiliki kelebihan dalam pemanfaatan hutan tropis lembab dan lingkungannya untuk inovasi pembelajaran kimia.
2. Menghasilkan publikasi ilmiah dalam jurnal nasional dan internasional bereputasi dalam bidang pendidikan kimia.
3. Terimplementasinya hasil-hasil penelitian pendidikan kimia dalam kegiatan pengabdian yang relevan dengan kebutuhan masyarakat;
4. Terjalinnya kemitraan dengan berbagai institusi yang relevan baik di tingkat lokal, nasional, regional maupun internasional.